有哪些工具和模型可以帮助进行交叉参照?
问:
有哪些工具和模型可以帮助进行交叉参照?
答:
在运用交叉参照技术过程中,通常应使用一种以上的工具得出类似物,以提高交叉参照的结果可靠性。用于帮助进行交叉参照的模型很多,可以根据不同的需要选择合适的免费公开模型和工具(见下表)。
<table style="width:100%">
<tr>
<td>工具</td>
<td>目的</td>
<td>毒术匹配</td>
<td>境界</td>
<td>经合组织工具箱</td>
<td>CBRA</td>
<td>ToxRead</td>
<td>GenRA 公司</td>
</tr>
<tr>
<td>类似物识别</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
</tr>
<tr>
<td>类似物评估</td>
<td>那</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
</tr>
<tr>
<td>数据缺口分析</td>
<td>那</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
<td>那</td>
<td>那</td>
<td>√</td>
</tr>
<tr>
<td>数据缺口填补</td>
<td>那</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
<td>√</td>
</tr>
<tr>
<td>不确定性分析</td>
<td>那</td>
<td>那</td>
<td>那</td>
<td>√</td>
<td>那</td>
<td>那</td>
<td>√</td>
</tr>
<tr>
<td rowspan="2">可用性</td>
<td>免费</td>
<td>免费</td>
<td>免费</td>
<td>免费</td>
<td>免费</td>
<td>免费</td>
<td>免费</td>
</tr>
<tr>
<td>公开</td>
<td>公开</td>
<td>公开</td>
<td>公开</td>
<td>公开</td>
<td>公开</td>
<td>公开</td>
</tr>
</table>
比较常用的是OECD QSARToolbox 和EPA CompToxChemicals Dashboard中的GenRA模型。也有一些商业模型可以用于支持交叉参照。
一般情况下,使用这些工具需要提供化学物质的结构(如SMILES)、CAS号或化学名等信息,再选择需要查询的毒理学终点和设置查询条件,可获得结果近似化学物质的清单和毒理学数据等。